Osnovne djelatnosti Centra su: proučavanje biologije i ekologije prouzrokovača biljnih bolesti, biljnih štetočina i korova kao i načini njihovog suzbijanja sa posebnim akcentom na mjerama integralne zaštite bilja koja podrazumijeva prognozu i praćenje bioloških agenasa i iznalaženje najefikasnijih mjera njihove kontrole. Specijalizovane laboratorije vrše poslove usluga Republičkim organima, privatnim firmama, pojedincima i svim zainteresovanim u cilju utvrđivanja fitosanitarne ispravnosti proizvoda biljnog porijekla. Centar aktivno učestvuje u poslovima izvještajne i prognozne službe, biljnog karantina i u organizovanju širih akcija suzbijanja biljnih bolesti i štetočina i pruža pomoć i daje savjete poljoprivrednim proizvođačima u smislu pravilne i pravovremene zaštite bilja.
Zaposleni u Centru učestvuju u realzaciji niza projekata i projektnih linija nacionalnog i internacionalnog karaktera. Zaposleni u Centru su angažovani u nastavnom procesu i praktičnoj obuci studenata.