Biotehnički institut organizovan je u deset naučno-istraživačkih centara:
U Podgorici
- Centar za zemljište i melioracije
- Centar za ratarstvo, povrtarstvo i krmno bilje
- Centar za vinogradarstvo, vinarstvo i voćarstvo,
- Centar za zaštitu bilja,
- Centar za stočarstvo,
- Centar za veterinarstvo i slatkovodno ribarstvo,
- Centar za agroekonomiku i razvoj sela i
- Centar za šumarstvo.
Izvan Podgorice
- Centar za suptropske kulture u Baru,
- Centar za kontinentalno voćarstvo u Bijelom Polju.
Pored navedenih centara u sklopu Biotehničkog instituta posluju i 3 specijalizovane službe:
- Služba za selekciju stoke,
- Laboratorija za mljekarstvo i
- Savjetodavna služba u biljnoj proizvodnji.